Süryani Ortodoks Cemaati’nin İstanbul’a gelişi iki göç dalgası şeklinde olmuştur. Birincisi, 1830 yılından başlayarak Cumhuriyetin kuruluşuna kadar devam eder. Süryaniler bu süre içerisinde Simhor, Bitlis,Diyarbakır ve Elazığ başta olmak üzere doğunun çeşitli yörelerinden gelip İstanbul’a yerleşirler. İkinci göç dalgası ise 1950 yılından itibaren günümüze kadar süre gelir.

Bu göç genelde Güneydoğu bölgesinden, Mardin, Midyat "Turabdin", İdil, Nusaybin ve civar köylerinden olmuştur. İstanbul’a yerleşen ilk Süryaniler, ibadetlerini yapabilmek ve yanlarına gelen ruhanileri barındırabilmek amacıyla, Tarlabaşı semtinde ahşaptan yapılmış oldukça küçük bir ev satın alırlar.

1844 yılında Patrik Mor Iğnatios II. Yakup cemaatini ziyaret etmek amacıyla İstanbul’a geldiğinde, önceden alınan bu evi kiliseye çevirmeyi düşünür. Bu nedenle Sultan Abdülmecid’e müracaat eder. Bunun üzerine Sultan, ahşaptan yapılmış evi kiliseye çevirmek üzere, inşaatını yapabilmeleri için Süryaniler’e ferman verir.

Böylece Kilise’nin inşaatı yapılır ve Meryemana adı altında ibadethane olarak kullanılmaya başlanılır. Ahşaptan yapılan bu kilise 1870 yılında Beyoğlu’nda çıkan büyük yangında kül olur. 1880 yılında tekrar inşa edilir. Ancak bu sefer kargirden yapılır.

İkinci göç dalgasıyla birlikte, İstanbul’da yaşayan Süryani Ortodoks nüfusu da artmaya başlar. Mevcut kilise yetersiz kalır. Bundan dolayı kilise bitişiğindeki bina satın alınarak kilisenin büyütülmesine karar verilir.1961 yılında Abdulnur Aydıner’in başkanlığındaki Vakıf Yönetim Kurulu büyük bir gayretin içine girer. Gerekli yasal izinler alınır, sonra Mardin’den yapı taşlarıyla, taş yontmacılığı ve oymacılığında hünerli ustalar (Sait Mimarbaşı, İskender Aktaş ve Lole Ertaş) getirilir.

Kilise tekrar büyütülerek yapımına başlanılır. İki yıl süren titiz bir çalışma neticesinde bugünkü görünen hali ile bitirilir. Nihayetinde 3 Kasım 1963 tarihinde Patrik Mor İğnatios III. Yakup tarafından muhteşem bir törenle, diğer Cemaatlerin Patrik’leri, Hükümet temsilcileri ve Süryani Ortodoks Cemaatinin huzurunda takdis edilerek ibadete açılır.